Landwirtschaftliche Betriebe stehen oft im Fokus der Finanzbehörden. Ein Hauptgrund dafür ist die starke Schwankung von Einnahmen und Gewinnen, wie Steuerprüfer berichten. Im Vergleich zu anderen Wirtschaftszweigen unterliegen landwirtschaftliche Einkünfte nicht der Gewerbesteuer, weshalb die korrekte Klassifizierung dieser Einkünfte eine besondere Rolle spielt.
Kleinere landwirtschaftliche Betriebe zeigen in ihren Bilanzen häufig nur geringe Gewinne, was regelmäßig das Interesse des Finanzamts weckt. Die Steuerprüfer vermuten oft, dass die deklarierten Einnahmen nicht ausreichen, um den Lebensunterhalt der Betreiber zu decken. Es besteht der Verdacht, dass einige Landwirte ihren Lebensunterhalt teilweise mit nicht versteuerten Einnahmen bestreiten oder landwirtschaftliche Produkte ohne offizielle Abrechnung verkaufen. Zudem können hohe Privatentnahmen, beispielsweise für Grundstückskäufe, das Risiko einer steuerlichen Überprüfung erhöhen.
Experten empfehlen Landwirten daher, ihren Jahresabschluss gemäß den Vorgaben des Bundesministeriums für Ernährung, Landwirtschaft und Verbraucherschutz (BMELV) einzureichen. Dieser beinhaltet speziell für die landwirtschaftliche Branche entwickelte Kontenpläne, die allerdings auch häufig im Zentrum von Betriebsprüfungen stehen.
Seit 2018 hat das Finanzamt mit der Einführung der Kassen-Nachschau ein zusätzliches Mittel, um Landwirtschaftsbetriebe unangekündigt zu prüfen. Solche Überprüfungen können oft der Ausgangspunkt für eine umfassendere Betriebsprüfung sein. Treten während der Nachschau Unregelmäßigkeiten auf, kann der Prüfer direkt zu einer vollständigen Betriebsprüfung übergehen, ohne weitere Fristen einhalten zu müssen. Auch die Verweigerung der Mitarbeit kann zu einer sofortigen Außenprüfung führen, für die allerdings eine schriftliche Prüfungsanordnung notwendig ist.
Im Rahmen von Betriebsprüfungen werden spezifische Einnahmen und Ausgaben sowie Geschäftsvorfälle der Landwirte genau unter die Lupe genommen. Dazu zählen Gesellschaftsverhältnisse, Verträge zwischen Betriebsleiter und Familienangehörigen, Grundstücksgeschäfte, Finanzanlagen, sowie Lohn- und Materialrechnungen. Ein wichtiger Bestandteil der Prüfung ist der Betriebsrundgang, bei dem die Anwesenheit des Landwirts empfohlen wird. Mitarbeiter sollten Auskünfte nur nach Rücksprache mit dem Landwirt oder dem zuständigen Steuerberater erteilen, um die korrekte Darstellung der Betriebsverhältnisse sicherzustellen.